تنها محمد على را به نام شاه گذاشت ؛ اما امور حكومت همه در دست زكى خان بود . افول زنديان پيشتر ، در اواخر عهد كريم خان ، آقا محمد خان ايلخانى قاجار در شيراز در بازداشت مىگذراند ؛ و او همان‌كه كريم خان درگذشت گريخت و خود را به زادگاهش مازندران رساند و سر به شورش برداشت . زكى خان برادرزاده‌اش على مراد را با سپاهى به مقابله او به شمال ايران فرستاد ، و خودش نيز با لشكرى روانه شد و تا ايزدخواست پيش آمد و در اينجا زير دستانش كه از ظلم او به جان آمده بودند وى را كشتند . در اين ميان صادق خان برادر كهتر كريم خان از بصره مراجعت كرد و شيراز را در محاصره گرفت ، و سرانجام بر محمد على [ كه نام شاهى داشت ] غالب شد و او را دستگير كرد ، و خود بر تخت نشست . صادق خان سپاهى به مقابله على مراد كه به شمال روانه شده بود ، فرستاد ، اما در نبردى كه پيش آمد على مراد غلبه كرد و به سوى شيراز تاخت و اين شهر را محاصره كرد و هشت ماه بعد آن را گشود و صادق خان و چند فرزندش را كشت و از آنان جعفر را زنده گذاشت . تاريخ اين رويداد ماه فوريه سال 1781 م . بود . آن‌گاه على مراد فرزندش ويس را روانهء مازندران و جنگ با آقا محمد خان كرد . آقا محمد خان راه رسيدن آذوقه به اين لشكر را بست و [ در نبردى كه در پى آمد ] ويس به سختى شكست خورد و به شيراز هزيمت كرد . در سال 1785 م . جعفر خان پسر [ بازماندهء ] صادق خان سر به شورش برداشت و با سپاهى [ به جنگ على مراد ] آمد . على مراد كه اين را شنيد افسوس خورد كه چرا او را زنده گذاشته بود ؛ چون هيچ راهى جز جنگ نمىديد با اين‌كه بيمار بود لشكر راند تا كه در 30 ميل جنوب اصفهان درگذشت . جنگ‌هاى آقا محمد خان جعفر خان چون در روز 26 فوريه آن سال به اصفهان رسيد ، از روى فريب ويس پسر على مراد را نزد خود دعوت ، و او را دستگير و كور كرد . در اين هنگام آقا محمد خان در مازندران بود ، و چون اين رويداد شنيد تند لشكر راند و 400 ميل را يازده روزه پيمود و خود را به اصفهان رساند و در روز 6 ماه مه وارد اين شهر شد . جعفر در برابر او مجال جنگ نيافت و به شيراز گريخت . آقا محمد خان با مردم كوه‌هاى